В мае 2022 года трое других его заместителей — Жапаркул Ташиев, Жалалидин Рахматуллаев и Улук-Бек Бектурганов — потребовали его отставки. Вместе с ними протестовали начальники управлений Минздрава. Вскоре всех их уволили.
Конфликт с Жогорку Кенешем
Депутаты не раз критиковали Бейшеналиева. В 2021 году парламент рекомендовал правительству его уволить. Президент Садыр Жапаров тогда заявил: «Депутаты говорят, что он не работает, но на самом деле он хорошо работает». Однако Жогорку Кенеш проголосовал за его отставку: 81 депутат был «за», 8 — «против». Несмотря на это, Бейшеналиев остался на посту.
«Потому что лопух» — конфликт с Эрнестом Акрамовым
В 2022 году возникла инициатива о присвоении имени хирурга Эрнеста Акрамова Чуйской областной больнице. Бейшеналиев резко высказался против: «Он недостоин, потому что он лопух».
Эти слова вызвали недовольство, и министра призвали извиниться. В апреле он и Акрамов посадили ель в знак примирения.
Конфликт с Алмазом Исманкуловым и Курманкулом Зулушевым
В 2023 году Бейшеналиев попытался выселить клинику «Микрохирургия глаза Алмазбека Исманкулова» из здания на территории больницы. Он пришел туда лично, но столкнулся с сопротивлением. В разговоре с врачом он назвал его «лопухом».
Позже Генпрокуратура вынесла представление Кабмину о возможном наказании министра, вплоть до увольнения. Бейшеналиев заявил, что его борется за государственное имущество и высказался в адрес генерального прокурора Курманкула Зулушева.
В июне 2023 года был открыт реабилитационный центр «Алтын балалык». На следующий день министра задержали. Против него возбудили семь уголовных дел:
– одно по статье о коррупции;
– два по статье о вымогательстве;
– четыре — за злоупотребление служебным положением.
Президент временно отстранил Бейшеналиева и генпрокурора Зулушева, но позже последний вернулся на свою должность.
В августе 2023 года дело о коррупции было прекращено, и 19 августа Бейшеналиев был освобожден. В тот же день его назначили директором центра «Алтын балалык».
Второй срок в Минздраве
В сентябре 2023 года он снова стал министром. Конфликтов стало меньше, но бывший депутат Жусупбек Коргонбай уулу несколько раз обвинял его в связях с ОПГ. Бейшеналиев ответил, что депутат просто хотел получить должности на юге страны. В апреле 2024 года ЦИК досрочно лишил Коргонбай уулу мандата. Позже Бейшеналиев выиграл суд, и экс-депутата обязали опровергнуть свои слова и выплатить моральный ущерб.
Во время второго срока министр внедрил операции по трансплантации органов: в стране начали бесплатно пересаживать почки, печень и костный мозг. Также бесплатно стало доступно стентирование сердца. Также в стране открыты 100 государственных аптек «Эл аман» и в течение 2024 года открыли ряд медицинских учреждений, дополнительных корпусов по стране.